Конкретизируйте Ваш вопрос. Очень важно понимать чего Вы хотите получить от ее использования. От этого будет зависеть масштаб «катастрофы»
ЭЦП можно использовать для внутренних нужд компании (здесь больших проблем нет: либо создайте свой удостоверяющий центр, либо воспользуйтесь одним из существующих, и используйте, например, во внутреннем документообороте. Естественно для это будет нужно провести соответствующую техническую и организационную работу. Проблема решаемая, все зависит от политической воли руководства.
Сложнее когда Вы хотите использовать ЭЦП в процессе взаимодействия с другими компаниями и с государственными органами. Оценивать масштабы работы пока можно для каждого конкретного случая.