Всё зависит от платформы, технологии, инструментария, при помощи которого вы создаёте веб-приложение. Но в общих чертах это происходит так: есть некая библиотека кода(ADO.NET например, при использовании .net framework), при помощи которой вы подключаетесь к SQL серверу (Microsoft Sql Server,Oracle, MySq и т.д.) отправляете запросы и получаете результаты, которые обрабатывает ваше серверное приложение (например, ASP.NET, PHP и т.д.) и посылает клиенту. Есть и визуальные системы создания веб-приложений, CMS (система управления содержимым, WebMatrix например, на платформе .net , их полно в сети), где особо и делать то ничего не надо, нажимаешь пару кнопок и всё. Но советую начать с базовых курсов веб-разработки, а тут INTUIT их много, надо только выбрать технологию и вперёд! Удачи.