Основная причина - тупой пользователь.
Антивирусное ПО может выдавать сообщение, что данный сайт небезопасен, но пользователь всё равно зайдёт на него. Антивирусное ПО может выдавать сообщение, что данный файл опасен, но пользователь всё равно запустит его. И т. п.